花蓮漁港位於花蓮國際商港區內之兼用漁港，距花蓮市約 2公里，實際位置為東經 121°38′北緯23°55′30〞。係由花蓮
港務局指定港區內小型船渠之南側水域，專供漁船停靠，小型船渠水深-2.0～-3.0公尺，泊地面積28,000平方公尺，其中雖有一
半撥供漁港使用，實際上扣除航道及軍方、海關及工作船所用泊地，僅剩三分之一左右可供漁業使用，平時漁船停泊已擁擠不敷使用，甚多漁船停靠商港航道，危險性大，並影響商港機能運作，颱風時更為嚴重。為改善渠內漁船及工作船泊地穩靜，於第二期漁港建設方案中，進行船渠開口變更，封閉舊有港口，新闢25公尺寬港口，興建南、北突堤碼頭 100公尺及碼頭改善工程。
政府為改善漁民生活及促進東部地區漁業發展，於民國八十二年辦理「花蓮專用漁港港址選定及整體規劃」工作，就現有小型船渠擴建為專用漁港，八十四年進行細部規劃，並列入第三期台灣地區漁港建設方案中，計畫自八十六年度起分年分期施工，以解決現有漁港規模之不足，促進花蓮縣漁業發展。