鯤鯓漁港位於台南縣七股鹽場海側，北側為馬沙溝海水浴場，南側為青山漁港出海航道。由於附近現有之北門、將軍、青山、蚵寮等漁港均為早期建設之漁港規模小，其位置又在沿岸砂洲青山港汕及新北港汕之瀉湖內，漁船進出北門共同航道潮口受漂砂影響水淺而且常有變化，致各漁港之船隻無法大型化且進出困難易生危險，限制了台南縣捕撈漁業之發展，政府為徹底解決上述各港之漁業困境，自民國 74 年起即著手規劃、研究，至民國 79 年終於決定闢建鯤鯓漁港，完成後整體開發面積約 169 公頃，共有泊地 35.4公頃，陸上用地 80.3 公頃， 可提供 200 噸級以下之漁船停泊，全案計劃以分期分年實施，近期計劃已列入「第二期台灣地區漁港建設方案中」，先完成西南航道新口，中心漁港外廓防波堤及南側泊地 18 公頃，碼頭 2,129 公尺， 陸上設施用地 29 公頃，自80年度施工預定於86年度完成，遠期計畫則視漁業發展狀況再繼續完成其餘工程。
鯤鯓漁港工程計畫完成後，現代化的漁港設施將可改善北門、將軍、青山三漁船出入不便的問題，並可滿足本區域至民國100 年之漁業需求，促進本縣未來之漁業發展；道路系統的拓展、橋樑的改建及增建，將增加本區對外交通聯絡的有利條件，對順暢漁獲運輸，引進漁業相關工業的投資，甚有助益；此外，港區土地配合都市發展，規劃住商社區，可提昇漁民居住品質，亦吸引外來就業人口，平衡城鄉發展差距；配合港區北側的馬沙溝海水浴場及沙洲防風林，更可發展觀光及濱海遊憩活動。綜上所述，鯤鯓漁港的興建，將可帶動當地及台南縣經濟的全面發展與繁榮。