新竹漁港原名南寮漁港，位於新竹市南寮里頭前溪下游出海口南岸，建於民國41年，至民國48年完成，泊地面積僅約3.5 公頃為一河口港，航道及泊地經常遭河沙淤塞。為減少泥沙淤積，於民國62年修建港口閘門一座，惟本區大潮差平均約 3.5公尺，漁船須等候漲潮始能進出，非常不便。
新竹沿海、近海漁場遼闊，漁產資產豐富，尤以墨魚（花枝）產量頗豐，為此地漁業特色。又本區位居本省西北部漁業中心區，亦為南北漁船往返航路之中點。因此南寮漁港不僅是各地漁船魚貨的集散地，並為颱風期各地漁船避風避難之重要漁港。平時船筏眾多，漁汛期更形擁擠，原有泊地碼頭設施明顯不足，加上漁船須候潮進出，及漁船噸級之日趨增大，南寮漁港更加不勝負荷。
為解決漁船擁擠，便利漁船進出海，保障漁船作業安全及配合當地漁業發展實際需要，民國69年間，李總統登輝先生於台灣省主席任內指示勘查，選定在頭前溪出口南邊約二公里海岸，開闢能全天候使用之新漁港。民國70年４月完成水工模型試驗及定案規劃報告，定名為新竹漁港。70年10月底開工興建，分十年十期施工，至80年８月完成，建港工程費約十一億四仟餘萬元。漁港泊地水深為低潮位以下３公尺，漁船可以全天候進出而無須候潮。泊地可分為內外兩部份，內泊地14.5公頃，外泊地8.3公頃，碼頭總長約2,350公尺，各項陸上設施完善，約可容納50噸級近海漁船600 艘。另外建港時利用向外海擴建之便，填築了約52公頃之新生地除設置漁業公共設施外，更可提供漁業相關工業、商業及住宅社區發展之用。
目前新竹漁港附近海岸，因漁港防波堤之興建及漂沙之淤積，漸向海側擴展，港口及航道地區受漂沙回淤而有深度不足之情形，雖經疏浚卻未能根治。因此，在「第二期台灣地區漁港建設方案」之第二階段計畫（82～85年度）中依83年８月完成之「新竹漁港港口改善暨水工模型漂沙試驗報告」，繼續編列經費，延建防波堤及防沙堤，短期並配合定期疏浚之方式，以達到改善目標。
新竹漁港於80年度開始啟用，旋即成為本省西北海岸作業漁船之重要基地，完善之設施使漁民生命財產得以保障，對改善本區漁業作業環境、增加漁民收益、促進漁業發展、增進地方繁榮均有莫大助益。
未來以本港優良的地理環境、便利的交通、廣大的腹地及海洋資源，應配合區域發展需要、結合漁業特性，做整體妥善規劃，使本港朝向漁港、觀光、休閒、教育、文化等多功能港之目標邁進。
本港現有漁會會員 9,704人，設籍於新竹市為5,600人。本港於沿岸、近海作業船隻多於當日往返，於台灣海峽中部、中北部作業漁船，一航次2～3天，距離約60海浬。主要從事定置網、刺網、一支釣、單船拖網等漁業。漁獲物以烏魚、鯛類、烏賊類、白帶魚、鰆魚、鯊魚類等為主，約10％於本港拍賣，90％運至外地漁市
場拍賣。寄籍漁船以每年冬季烏魚季時最多，可達50艘。