北門漁港原名蘆竹溝漁港，位於台南縣北門鄉三光村，將軍溪出口北側，將軍漁港之東。海側有砂洲，南起將軍溪，北至急水溪，長達８公里，為本區天然屏障，可阻擋外海風浪之侵襲，其航道出口有賴將軍溪之水流及海水漲退潮之沖刷作用以保持水深供船隻出入。
本港自民國59年開始闢建，至64年共投資 580.2萬元，計完成防波堤 418公尺，碼頭 287公尺，泊地10,680平方公尺。至65～66年間，先後再完成魚市場，及新泊地 5,440平方公尺，泊地水深為-2至 -3 公尺。但由於將軍溪流量減少，沖刷力大減，航道常遭淤塞，漁船出入不便且危險，故再於69年至74年間，完成 360公尺離岸堤，1,075 公尺防砂堤，以阻止漂砂，並浚挖航道維持通航。唯因漂砂變化激烈，自77 年～ 81 年增建導流堤 690 公尺及航道浚渫等工程，以繼續維持航路之暢通。
本港以近海漁業之刺網及單拖網為主，其航道雖經改善，但仍需年年疏浚。由於此航道亦為將軍及青山漁港之出口航道，故為謀航道之安全便利及台南縣漁業之整體發展，已自80年度起在航道南側2.5公里處另闢新港。