新竹市原本僅有位於頭前溪口之南寮漁港，因屬河口港，易受頭前溪輸砂及沿岸之漂砂影響，且港域狹小，漁船停靠擁擠，前台灣省漁業局及新竹市政府為徹底改善，乃於頭前溪口南岸約兩公里處興建大型之新竹漁港。

　　1952年，前台灣省漁業局及新竹縣政府，首先於頭前溪口南岸之南寮里勘定港址，並實施第一期工程，計建港口一處、碼頭423公尺、倉庫及辦公室等，嗣後自1954～1959年繼續興建完成泊地面積3.5公頃。1964年該港遭遇「葛樂禮」颱風災害，泊地淤塞、護岸損壞，嗣經修護並加建臨港柏油路面，民國56年起至59年間，前台灣省漁業局指派漁浚一號挖泥船至該港疏浚，以維持漁船使用。

　　1974年及1975年度省府、縣府復撥款於港口興建閘門，適時啟閉，以維持泊地水深，阻止大量漂砂進入港內，1975年再興建突堤。1986年該港已有泊地面積3.5公頃、碼頭685公尺以及魚市場、加油站及製冰場等設施。由於該港位於頭前溪口，為河口岸，每當洪水時期，洪流挾帶大量泥砂，造成泊地淤積，致使水深無法維持，漁船須候潮進出，非常不便。

　　1980年，李總統登輝先生於台灣省主席任內指示勘查，選定於頭前溪口南邊約二公里海岸，開闢能全天候使用之南寮新漁港，期使50噸級動力漁船能隨時進出漁港，提供容納20～50噸級漁船400艘之穩定、安全避風場所。

　　1981年4月完成規劃，並正式定名為「新竹漁港」，同年10月底開工興建，分十年十期施工，至1991年6月完成，建港工程費約十一億四仟餘萬元，並於1991年度開始啟用。漁港泊地水深為低潮位以下3公尺，漁船可以全天候進出而無須候潮，泊地分為內外兩部分，內泊地面積約14.6公頃，外泊地面積約8.06公頃，碼頭總長約2,450公尺；另外建港時更填築約52公頃之新生地，除漁港公共設施外，更可提供漁業相關工業、商業及住宅社區發展之用。

　　新竹漁港腹地廣大，已朝休閒等多功能漁港發展，生鮮魚市、海鮮熟食、綠地、停車場等俱全，已成為大新竹地區居民休閒生活的好去處。