台南縣原有小型漁港均係利用海岸砂洲後側之瀉湖水域或鹽田、排水溝之水道，依天然地形興建，各漁港港域狹小、水深不足，較大型船隻，則需候潮始能進出；其中尤以北門、馬沙溝、青山三漁港利用新北港汕和青山港汕間之潮口為共同航道進出最為嚴重，除進出港耗費時間及油料外，由於漁船出海時間大致相同，於狹窄航道上行駛常有碰撞之虞，同時受鹽興、鹽豐兩座橋樑高度之限制，高潮時，漁船桅杆常發生碰撞，低潮時則航道水深不足，漁船無法進出，影響漁業至鉅。

　　政府為徹底解決台南縣主要漁港之困境，選擇於將軍溪口以南位於北門、馬沙溝及青山漁港之間興建一處新漁港，鄰近區域腹地廣闊，甚具發展潛力，闢建大型漁港除可提供台南縣漁船避風停泊使用外，亦可提供鄰近作業漁船寄港停泊，案經審慎評估後，列入「第二期、第三期台灣地區漁港建設方案及第一期四年漁港建設計畫」內，作為台南縣的中心漁港。

　　該港於1990年動工興建，首先為解決青山漁港船隻作業的不便，遂重新打通受土石淤塞的西南航道出口，興建北防波堤，嗣後歷經5年（1995年），先後完成西南航道外廓防波堤、導流堤及將軍漁港外廓防波堤，並為保護附近海岸，於西南航道以南興建南海堤、西南航道與將軍漁港間興建四支防砂突堤群。至目前為止該港共計完成十期工程。除南北防波堤、防砂堤、海堤護岸、導流堤以外有碼頭2,365公尺，泊地面積28.5公頃，港區陸域30公頃，漁會辦公大樓及魚貨拍賣場，環港道路及港區綠化等，該港已於2001年10月25日開放啟用。

　　該港啟用以後，已有效解決台南縣漁船筏進出的困境，保障漁民生命財產安全，現代化設施，增加漁民收益。未來將朝向漁業休閒及觀光多功能漁港發展，成為兼具漁港、海洋風貌、海洋文化之新漁港，也期望經由漁港的發展，帶動週邊的土地開發及經濟活動。

圖說▼將軍漁港開放啟用，解決南縣漁船筏進出的困境，保障漁民生命財產安全。（楊世名攝）