安平港位於台南市安平海岸，原為台南沿海離岸沙洲與本島間之內海水域，昔稱台江，當時為一天然港，遠在鄭成功時代即已設鎮，為台灣南部對大陸通商往來之主要港口。後因長年漂砂淤積，港口堵塞而失去作用。日據時代曾開闢今之舊港口，不久亦告失敗。光復後，高雄港務局陸續辦理各項調查研究及改善計畫，於1973年決定於舊港口南方約2公里之鯤鯓湖外海，另行闢建新港口，並將安平港開發為漁商並用港，綜合規畫為商港區、遠洋漁業區、近海漁業區、中型造船廠區、小型造船廠區、港埠行政區、遊艇碼頭區、及預留區等八區。新港口工程及商港區之開發由高雄港務局負責，自1974年2月正式開工，1979年4月完成通航，為安平港奠定了重新發展的基礎。

　　安平港近海漁業區由台灣省漁業局於1977年起分四期施工，新建重力式及消波式碼頭2,580公尺，護岸490公尺，曳船道156公尺，開闢泊地面積17.6公頃，水深浚挖至-2.6公尺。同時新建橫跨運河之橋樑，修築港區道路、照明、給、排水等公共設施，於1981年4月完成，可容納50噸級以下漁船約900艘，供台南市籍及其他縣市漁船泊靠，提供售貨、補給、休息、避風、整修之服務功能。此外，填築之新生地及闢建完善公共設施約25公頃，可供漁業有關行業建廠使用。1983年，台灣省漁業局在新船渠南側建深水碼頭140公尺（水深-4.0公尺），並疏浚新船渠泊地5.4公頃，及漁港航道1.2公頃，於1986年10月完成，利於遠洋漁船停泊。

　　遠洋漁港設施之不足成為遠洋漁業發展之瓶頸。因此著手規劃於高雄縣興達漁港及台南市安平漁港同時興建遠洋漁港各一處，於1988年11月案奉行政院核定辦理。安平遠洋漁港區開發面積約78.6公頃，其中水域面積32.4公頃，陸域面積46.2公頃，興建-5.0至-7.0公尺水深之碼頭2,080公尺，可供2,000噸以下之遠洋漁船202艘靠泊。本工程自1990年度開工，於1997年底完成。由於該港漁船筏需行駛長達2.5公里之彎曲支航道，再繞經商港口進出，十分不便，為徹底解決安平漁港漁船筏航行安全，增加作業效率及業者投資信心，並改善港區及運河水質，行政院農業委員會漁業署於2000年12月進行安平漁港舊港口重建工程，完成後漁船將改由舊港口直接進出。

　　由於漁業環境之改變，我國對遠洋漁港的需求已經較往昔減少，安平漁港也因南部地點水產種苗發展外銷運銷的需要，設置為種苗的儲運中心，目前正在積極的建設之中。