鹽埔泊區位於東港溪出海口之西岸，與東港泊區隔350公尺寬之東港溪相望。由於東港地區漁業急速發展，東港之泊地已顯不足，尤以颱風期漁船湧入東港避風；而東港泊區因限於地形與腹地無法擴建。故前省漁業局乃於第一期漁港建設方案計畫中，自1984年度起開始著手興建鹽埔泊區，至1987年度共編列經費13,600萬元，並在二期方案續投資29,000萬元，完成碼頭、防波堤、護岸，東港溪突堤、泊地面積3.79公頃等，道路及路燈工程等。1991年，將鹽埔泊區北側之五房排水出口段拓寬為50公尺，作為船隻進出航道，並增建突堤碼頭以增加港內之穩靜。目前本泊區共有泊地面積約11.6公頃、碼頭1,634公尺、碼頭水深-3公尺，惟目前賴以出入之航道口，因受東港溪水流及輸砂影響，水深僅有-1.5至-2.0公尺左右，僅可供20噸以下近海漁
船筏安全進出，故泊地內停泊船隻船型偏小，而岸上相關設施缺乏，漁船出海補給仍需駛往對岸之東港，致目前使用率並不高。