日前，農業部淡水魚類種質監督檢驗測試中心專家鄒世平在刊物上發表署名文章，對中國主要養殖魚類種苗質量的現狀作了分析，著重提出了幾個在種苗質量上存在的突出問題。文章稱，目前中國幾種大眾化的水產養殖品種，如青草鰱 "四大家魚"、鯽魚、鯉魚、羅非魚和南方 等，苗種質量堪憂。
青草鰱 "四大家魚"，由於許多生產單位所用的親本沒有進行及時更新，近親繁殖現象嚴重，原種性狀退化，致使"四大家魚"生產性能下降，主要表現在：
（１）性成熟年齡提前，性成熟個體體重變小；
（２）生長速度減慢，養殖週期延長，影響經濟效益；
（３）抗逆性下降，染病死亡現象較為嚴重。
鯽魚苗種市場品種混亂。我國鯽魚養殖歷史相當長，各地形成了方正銀鯽、彭澤鯽等優良地方品種，２０世紀後半葉，又育成了許多品系，如異育銀鯽、白鯽、湘雲鯽等。但目前有一些莫名其妙的所謂鯽魚"優良品種"，如胭脂巨鯽、華豐高背鯽、揚子大鯽、福興鯽、紅鯽、新白鯽、江鯽等，使養殖者摸不著頭腦。誇大其辭的廣告宣傳使許多養殖單位上當受騙，比較典型的例子是"湖北胭脂巨鯽事件"。
鯉魚同鯽魚一樣，在我國有不少優良品種，如普通鯉魚、荷包紅鯉、興國紅鯉、湘江野鯉、黃河鯉、鏡鯉、青海湖裸鯉等，還有新近培育的建鯉、穎鯉、湘雲鯉等，引進品種大口胭脂魚也可以歸於鯉魚類。由於鯉魚品種之間很容易相互雜交，種質混雜比較嚴重，一些優良養殖品種的優良性狀難以保持穩定，再加上一些苗種生產單位受利益驅動，以假亂真、以次充好，鯉魚苗種市場也同樣比較混亂，種質混雜嚴重。
南方 （又名大口鯰或南方大口鯰）目前在湖南、湖北、四川、廣東、江西、江蘇、安徽等南方省份比較熱門，但各苗種生產場所提供的苗種質量各有不同，有的生長速度快、抗病力強，有的生長緩慢。更有甚者，以假冒偽劣的苗種坑害廣大養殖單位。
羅非魚品種之間非常容易相互雜交，管理措施稍不到位，種質就很容易出現混雜。目前有的國家級良種場的羅非魚都出現了尼羅羅非魚與奧利亞羅非魚相互混雜問題，其他沒有經過相關部門認可的良種場的羅非魚品種純度更難保證。
目前養殖比較普遍的鰻鱺、黃鱔、泥鰍、中華絨螯蟹、中華虌、對蝦、鱘魚、斑點叉魚回、長吻鮠、羅氏沼蝦、青蝦等水產品種，也或多或少都有些質量問題。
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