懸雍垂咽軟齶成形術是治療睡眠呼吸暫停綜合徵最常用的手術方法，已有十幾年的應用歷史。在國內的應用也較多。與胸腹部的大手術相比，它不涉及較大的血管、神經，較為安全，術後並發症也較少。但畢竟是手術，會有一定的創傷性，加之治療的睡眠呼吸暫停綜合徵患者均長期缺氧，常合併存在心腦血管及其它系統的疾病，術中及術後須嚴格監護。
手術最大的危險是因窒息而死亡。國外報導與懸雍垂咽軟齶成形術有關的死亡率大約是1％，國內也有手術過程中及術旨死於窒息的病例報導。麻醉是引起窒息死亡的重要原因。國外施行懸雍垂咽軟齶成形術大多在全身麻醉下進行，這樣就必須通過氣管插管來保持呼吸道的通暢，插管常會造成一定的損傷，引起咽喉氣道水腫或下咽部腫脹。術畢拔管後，易發生氣道阻塞，危及生命；另外，手術前或全麻過程中使用鎮靜劑，可在一定程度上抑制患者的呼吸，增加了窒息的危險性；麻醉後插管不順利或不成功，也可引起窒息死亡。
國外報導的死亡病例除了麻醉窒息外，還有術後水腫、分泌物瀦留所致者。國內的懸雍垂咽軟齶成形術大多採取局部麻醉進行，痛苦大，因麻醉窒息的幾率較小，但由於睡眠呼吸暫停綜合徵患者的咽腔本來就狹窄，上氣道易塌陷，故局麻藥物的影響也不可低估。預防性氣管切開術是防止這種致命性並發症的最有效的方法，前面已經介紹。國內的研究者總結了一組病例後，建議有以下情況的重症睡眠呼吸暫停綜合徵患者，在懸雍垂咽軟齶成形術前應考慮預防性氣管切開：
‧夜間睡眠時的最低血氧飽和度＜O．50。
‧睡眠呼吸暫停指數大於每小時50次。
‧合併較嚴重的心、肺、腦並發症。
‧有嚴重的缺氧表現。
‧體胖、頸粗短、舌根肥厚。
大多數患者經氣管切開後，在局麻下行懸雍垂咽軟齶成形術，術後數天即可封閉氣管切開刀口，有一部分患者因病情太重，需先通過氣管切開逐漸改善其缺氧狀況，使心、肺等系統的並發症有所好轉後，再擇期行懸雍垂咽軟齶成形術。
合併存在心、腦、肺、糖尿病等疾病的睡眠呼吸暫停綜合徵患者，如果術前缺氧嚴重，最好在先經過無創性正壓通氣治療一段後，待缺氧明顯改善，心肺功能好轉後再行懸雍垂咽軟齶成形術，有人認為這樣可以替代術前預防性氣管切開。手術中還要嚴密監測心電及血氧飽和度，以防意外事故的發生。
‧懸雍垂咽軟齶成形術後咽部疼痛較為劇烈，有的可能持續1週左右，此時應用鎮痛藥物應該注意其抑制呼吸的副作用。
‧術後吞咽功能障礙也不少見，一般在術後2週內出現，表現為進食進水時，飲食反流人鼻腔。生理情況下，經口進食進水後，在咽部要受到軟齶的阻擋，經後咽進人食道，由於懸雍垂咽軟齶成形術切除了軟齶及懸雍垂，易發生反流，但隨著時間的延長，會逐漸恢復，少數患者會長期出現吞咽功能障礙，多因手術時切除的軟組織過多，損傷了有關的肌肉引起。
‧術後傷口局部出血也較為常見，出血多發生於手術後數小時內，出血量一般較少，但出血易引起上呼吸道阻塞，故仍需高度重視。
‧術後傷口開裂，與傷口張力過大、縫線淺表、局部感染及腫脹有關，應積極處理。
‧鼻咽部狹窄及閉鎖是懸雍垂咽軟齶成形術的遠期並發症。與手術過程中損傷太大、縫合不好、刀口感染、癒合不良有關。
‧引起人們注意的另一個並發症就是懸雍垂咽軟齶成形術對下一步應用持續正壓通氣治療的影響。有一部分睡眠呼吸暫停綜合徵患者即使在懸雍垂咽軟齶成形術後，仍需應用持續正壓通氣治療。懸雍垂咽軟齶成形術切除軟齶及懸雍垂後，不僅可以使通過口腔的飲食反流人鼻腔內，而且也會失去這些軟組織對氣流的阻擋作用，所以在應用持續正壓通氣治療時，高速氣流經鼻腔進入咽部，就有可能經口而漏氣，從而使治療效果減弱。
‧懸雍垂咽軟齶成形術可以使部分人的發音改變，雖然出現的幾率很少，聲音改變也不大，但對於從事特殊職業的患者，如歌唱演員、播音員，應慎重考慮。
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