功能性便秘以保守治療為主，尤其是通過改變飲食習慣和食物結構，加強體育鍛煉，重建正常排便規律，並輔以針對性的藥物治療。但對於不同類型的功能性便秘，所選用藥物有所不同。
（1）弛緩型便秘
此種類型的便秘，可選用多種瀉劑交替使用。如容積性瀉藥：瓊脂、甲基纖維素等；潤滑性瀉劑：液體石蠟、橄欖油、蓖麻油等；刺激性瀉劑：蕃瀉葉、酚 、大黃等。若是頑固性便秘，則常需灌腸才能解除便秘。
（2）痙攣型便秘
此類便秘以解決腸道痙攣為主，焦慮、精神緊張者，可服用鎮靜劑，或安定和穀維素；腸痙攣者可服用解痙劑，如普魯本辛、阿托品和心痛定等，但便秘緩解後應立即停用此類藥物。
（3）直腸型便秘
首選甘油，其次為開塞露。如有糞嵌塞，可用鹽水或肥皂水灌腸，甚可用手指剜出。
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