儘管便秘有時令人非常討厭，但便秘自身並不是十分嚴重的臨床狀況。然而便秘又可能是臨床某種嚴重疾病如腫瘤的惟一的臨床症狀或信號。便秘可以引起併發症，如排便時過度用力引起痔瘡，秘結的糞便通過肛門括約肌時引起肛門撕裂。上述兩種情況還可併發出血。表現大便表面有鮮紅血跡；肛裂有時非常疼痛，從而又加重便秘，幼兒及老年體弱者還易出現糞嵌塞及糞溢漏現象。
在個別情況下，嚴重便秘可以引起直腸粘膜脫垂，伴有粘液分泌及污染內衣，在兒童肛門部粘液分泌可能是膀胱纖維化的一個表現。有些病人因嚴重便秘，身體非常虛弱，甚至有些病人必須進行結腸切除術及回腸直腸吻合術。
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