台南市位於嘉南平原南端，東接台南縣仁德鄉、永康市，北界曾文溪，南隔二仁溪與高雄縣茄定，湖內兩鄉鄰界，西鄰台灣海峽與澎湖縣遙遙相對，海岸線長22公里，距離台灣海峽南部漁場及澎湖漁場近，發展海洋漁業條件十分優越。
早在明朝以前，大陸泉、漳地區漁民即常在本區附近海域捕魚，荷蘭人占領台灣時期，重徵漁稅，來台灣附近捕魚之漁船，先至大員 (平安)領取執照，捕完魚以後再至大員繳納什一之稅，才返回大陸原居地，可知荷蘭人時期安平已經是漁船出人的特定港口。
鄭成功登陸鹿耳門，驅荷復台，台江(平安)即為台灣對大陸通商來往的主要港口，鄭氏設郡縣獎勵生產，沿海居民即建筏捕魚，漁業逐漸發展。
本省虱目魚養殖，安平地區開發最早，可能在鄭成功入台之前即有事實存在。「國姓魚產於鹿耳門」，當時的養殖方式應十分原始粗放。清雍正期間台灣縣喜樹仟小塭與鹽埕小塭(今本市南區喜樹及鹽埕漁村)均徵水餉稅。光緒十四年完成「土地清丈」，本市魚塭分上、中、下則分別徵銀四錢、二銀、一錢，顯示養殖魚塭規模已與一般農地同等重要。日據時期台灣虱目魚養殖約7,000~8,000 公頃，均在嘉義以南，台南市為主要生產區之一。
南市區漁會轄內，現有200噸以下漁船49艘，20~100噸漁、船26艘，100噸以上漁船5艘，動力漁簍1,179隻、動力舢舨23艘，八十四年魚產量4,014公噸，價值4億2仟萬元，以拖網、巾著網、流剌網友延繩約為主，捕撈底棲魚類、蝦、鰆、烏魚、鯛類、烏賊‥‥等。養殖面積5,600公頃，其申鹹水魚塭3,604公頃，淡水魚塭973公頃，淺海養殖 1,023公頃，以養殖虱目魚、草蝦、吳郭魚、鰱草魚、牡蠣等為主，年產量 20,141公噸，價值14.7億元。 |