漁業署指出，由於海洋資源為一公共財，必須根據科學調查研究進行有次序之管理，才能為人類永續利用，台灣為國際社會之一員，漁業產業規模龐大，在今年及明年將實施2階段減少120艘大型延繩釣漁船，大幅減少台灣鮪魚延繩釣之漁獲能力；台灣方面認為有嚴重危及海洋漁業資源之非法、未報告、未受規範（IUU）行為均不被容許，且已加強與國際共同打擊。
漁業署表示，根據聯合國糧農組織（FAO）在1999年通過的打擊非法、未報告、未受規範之國際行動計畫（IPOA-IUU），要求各船旗國、沿岸國、港口國及市場國均需採取措施共同打擊IUU漁業活動。以船旗國之立場，我國對於懸掛我國旗之漁船，依據漁業法加以管理，採行漁獲配額、漁船監控、收繳漁獲報告、漁獲能力總量管制等等符合國際要求之管理措施；在沿岸國之立場，不許可外國籍漁船非法進入我國水域作業；就港口國之立場，對於所有進入我國港口之漁船，限制須為國際組織登錄之合法漁船名單；對於市場國之立場，配合國際組織通過之相關決議，採取漁獲統計貿易證明文件措施，限制被貿易制裁國家之漁獲物或無貿易文件之漁獲物進入我國。
除此之外，我國在2002年針對在我國建造24公尺以上漁船進行出口管制，今（2005）年6月進一步針對在台灣建造外國籍之所有延繩釣及圍網漁船，必須事先汰換現有國際登錄之同種類同噸級漁船，否則不予同意出口，以杜絕我國建造漁船輸出從事IUU漁業活動或造成全球漁獲能力之遽增。另一方面，在2000年通知各金融行庫，國際上打壓IUU漁船之趨勢與情況，並要求對於我國人經營權宜國籍漁船之貸款應審慎核貸。
漁業署進一步表示，我國在國際組織-大西洋鮪類保育委員會（ICCAT）的鼓勵下，從1999年與日本合作消除當時被國際列名為IUU漁船計畫，進行了一連串因應措施，最後消除161艘該等漁船，包括由我國開放管道讓我國人經營，原在我國建造輸出之48艘漁船轉為我國籍納入管理；由台日共同出資，收購解體44艘原日本輸出之中古漁船，另輔導69艘漁船在國際認同前提下，設籍在萬納度及塞席爾納入管理，此項計畫成果在2003年ICCAT年會獲得認可。
漁業署最後表示，部分我國人在境外投資經營權宜國籍漁船，其捕魚、銷售等所有活動均在我國境外，因此杜絕IUU活動有賴國際合作，國際上所採取的措施已日趨嚴苛，有些國家建議聯合國通過決議，取消漁船權宜國籍制度，我國將全力支持。目前仍有部分人士仍竭盡所能要在國內造漁船輸出成為以權宜國籍（FOC）漁船形式經營牟利，漁業署呼籲國人勿再投資經營FOC漁船甚至從事IUU活動，政府將積極與國際合作共同打擊IUU漁業行為，屆時投資者將血本無歸。
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